1959年刚刚建立一年的包头市卫生学校与包头医学院合并，但一直保留着卫校的建制。1962年该校与包头医学院分校另办。1965年升格为医学专科学校，但保留有中专班。“文化大革命”期间一度停办。1979年恢复中专建制。2009年包头医学院与包头市卫生学校重新合并，在保留包头市卫生学校牌子的同时，另挂包头医学院职业技术学院牌子。
  包头医学院成立于1958年，是新中国在少数民族地区较早建立的一所普通高等医学院校，建校当年即招收五年制临床医学专业本科学生。1959年和1961年，包头市卫生学校和内蒙古卫生干部进修学院先后并入包头医学院。1965年，改为包头医学专科学校。1978年，教育部批准恢复包头医学院。2003年6月，教育部决定包头医学院与包头钢铁学院、包头师范学院合并组建内蒙古科技大学，2004年12月内蒙古自治区人民政府批准内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，原包头医学院冠名为内蒙古科技大学包头医学院。