中国药科大学的前身为国立药学专科学校（四年制），始建于1936年，是中国历史上第一所由国家创办的高等药学学府。建校初期，抗战爆发，学校初迁汉口，复迁重庆，精研学术，哺育英华。1946年回迁南京。1952年，齐鲁大学药学系和东吴大学药学专修科并入学校，成立华东药学院。1955年开始招收研究生。1956年更名为南京药学院。1986年与筹建中的南京中药学院合并，成立中国药科大学。1996年进入国家“211工程”重点建设的百所高校行列。2000年，学校由国家药品监督管理局整体划转教育部管理。2001年，江苏省药科学校并入学校。2017年9月，跻身国家“双一流”建设高校（一流学科）。
    80多年来，中国药科大学秉承“精业济群”的校训精神，以“培育药界精英、研发普惠良药、贡献幸福生活”为使命，坚持“学术第一、师生为本、共生共赢”的理念，兴药为民，荣校报国，努力成为“全球最受尊敬的药学高等学府”。存心以仁，任事以诚，兴药为民，荣校报国，积淀了深厚的文化底蕴，铸就了独特的治校品格，现已发展成为以药学为特色，理、工、经、管、文等学科协调发展的多科性大学。